Virtuaalimikroskopian ensimmäinen väitöskirja tuotti ohjelmistot syöpädiagnostiikkaan

BioMediTechin tutkija Vilppu Tuominen on väitellyt ensimmäisenä Suomessa virtuaalimikroskopian alalta. Tuominen on kehittänyt väitöstutkimuksessaan syöpädiagnostiikkaan kohdennetun tietokoneohjelmistojen kokonaisuuden, joka perustuu avoimeen lähdekoodiin sekä uudenlaiseen, standardoituun kuvanpakkausmenetelmään.

Virtuaalimikroskopia tarkoittaa mikroskooppinäytteiden digitointia ja tietokoneperustaista käsittelyä. Virtuaalimikroskopiaa voidaan hyödyntää esimerkiksi patologisten syöpänäytteiden tutkimisessa osana kliinistä potilashoitoa.
 
Digitoinnin haasteena on kuitenkin sen tuottama valtava tietomäärä. Yhtä näytelasia kohden muodostuu jopa satoja gigatavuja kuvatietoa, jonka käsittelyä varten tarvitaan täysin uudenlaisia teknisiä menetelmiä.

Näytteiden digitoinnilla luotettavampia tuloksia

Tuomisen kehittämä ohjelmistokokonaisuus koostuu mikroskooppinäytelasien digitointiin, katseluun ja tietoverkkojakamiseen tarkoitetuista sovelluksista. Lisäksi hän on kehittänyt rintasyöpänäytteiden automatisoitua diagnosointia varten kaksi kuva-analyysiohjelmistoa, joita voidaan käyttää verkkoselaimella.

- Digitoimalla syöpänäytteet ja analysoimalla ne kvantitatiivisesti saadaan entistä luotettavampia ja toistettavampia tuloksia, Tuominen kertoo.

Ohjelmistot jo käytössä Suomessa

Avoin lähdekoodi ja standardoidut kuvantamisratkaisut mahdollistavat virtuaalimikroskopian laajan käyttöönoton sekä kliinisessä syöpädiagnostiikassa että opetuksessa ja tutkimuksessa.

- Vaikka ohjelmistot on suunniteltu pääosin lääketieteeseen ja patologiaan, voidaan niitä soveltaa myös muilla mikroskooppeja hyödyntävillä tieteenaloilla, Tuominen kertoo.

Tuomisen kehittämiä ohjelmistoja käytetään jo useissa suomalaisissa kliinisissä ja akateemisissa yksiköissä. Lisäksi työ on herättänyt myös kansainvälistä kiinnostusta. Ohjelmistoja on ladattu muutaman vuoden kuluessa yli 10 000 kertaa sekä julkisella web-analyysiohjelmistolla on diagnosoitu jo yli 30 000 rintasyöpänäytettä.

Biolääketieteellisen teknologian yksikössä tehty väitöskirja tarkastettiin toukokuun alussa.

Väitöstiedote