Sisältöön
tampereen yliopisto: lääketieteen ja biotieteiden tiedekunta: tutkimus:
Lääketieteen ja biotieteiden tiedekuntaTampereen yliopistoLääketieteen ja biotieteiden tiedekunta
Matti Nykter - Laskennallinen biologia

Laskennallisen biologian tutkimusryhmä kehittää algoritmejä ja laskennallisia malleja biolääketieteen tutkimuskysymysten ratkaisemiseksi. Tutkimusryhmän tavoitteena on ymmärtää syövän molekylaarinen perusta ja tämän kautta mahdollistaa uusia hoito- ja diagnosointimenetelmiä. Tutkimusryhmässä yhdistyy sekä kokeellisen että laskennallisen syöpätutkimuksen erityisosaaminen. Tutkimusryhmä toimii osana eturauhassyövän tutkimuskeskusta (PCRC) ja kehittää aivokasvaintutkimusohjelmaa yhteistyössä Tampereen yliopistosairaalan kanssa.

Laskennallisen biologian tutkimusryhmä vastaa kansainvälisen maisteriohjeman bioinformatiikan opetuksesta Lääketieteen ja biotieteiden tiedekunnassa.

Rahoitus: Suomen Akatemia, TEKES, Tays, Syöpäsäätiö, NIH (USA) ja Sigrid Juseliuksen säätiö.


Prostate Cancer Research Center (PCRC)

Eturauhassyövän tutkimuskeskus kokoaa yhteen Tampereen yliopiston Kaupin kampuksen yksiköitä (BMT instituutti, MED ja HES) sekä Tampereen yliopistollisen sairaalan, Fimlab Oy:n ja tutkimuskeskuksen kanssa läheisessä yhteistyössä toimivia tutkimusryhmiä Tampereen teknilliseltä yliopistolta.

Lue lisää tutkimuskeskuksen verkkosivuilta (sivut ovat englanninkieliset)


Research highlights

Strong FGFR3 staining is a marker for FGFR3 fusions in diffuse gliomas
We have previously identified and characterized FGFR3 fusions in glioblastoma. Here we performed FGFR3 immunohistochemistry on tissue microarrays containing 676 grades II–IV astrocytomas and 116 grades II–III oligodendroglial tumor specimens. Fifty-one cases were further analyzed using targeted sequencing. Moderate to strong FGFR3 staining was detected in gliomas of all grades, was more common in females, and was associated with poor survival in diffuse astrocytomas. Strong FGFR3 protein expression is indicative of FGFR3 fusions and may serve as a clinically applicable predictive marker for treatment regimens based on FGFR inhibitors.

Granberg K. et al. Strong FGFR3 staining is a marker for FGFR3 fusions in diffuse gliomas. Neuro-oncology, 19(9):1206-1216, 2017. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28379477

 

Earlier publications

Decision support for pathologists: machine learning based image interpretation
Digital pathology has led to a demand for automated detection of regions of interest, such as cancerous tissue, from scanned whole slide images.  Our study shows how machine learning based image interpretation can be used for detecting the cancer hot spots from WSIs. Our method was able to detect metastatic tissue from breast cancer lymph nodes samples with high accuracy (AUC in tumor tissue detection ranging between 0.84-0.91).  Based on random forest classification model, we were also able to find a shortlist of top contributing features, providing insight into differences in spatial properties of the tissue types.

Valkonen M et al. Metastasis detection from whole slide images using local features and random forests. Cytometry A, 91(6): 555-565, 2017. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28426134
 

DNA repair gene loss is detectable in circulating tumor DNA
Germline mutations in DNA repair genes have been recently reported in 8 - 12% of patients with metastatic castration resistant prostate cancer (mCRPC). In this study, we performed targeted germline sequencing of 319 metastatic castration resistant prostate cancer patients and showed that patients carrying deleterious germline mutations in genes linked to homologous recombination exhibit attenuated responses to androgen receptor targeted therapy. Using cell-free DNA sequencing, we showed that germline BRCA2 mutations associated with somatic loss-of-heterozygosity in all but one case. These results suggest that mCRPC patients with germline DNA repair defects can be prioritized for more effective therapies using a blood test.

Annala M et al.
Treatment Outcomes and Tumor Loss of Heterozygosity in Germline DNA Repair-deficient Prostate Cancer. 
Eur Urol (in press) https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28259476
 

 
Lääketieteen ja biotieteiden tiedekunta
Arvo Ylpön katu 34
33520 Tampere, Finland
Ylläpito: webmaster@biomeditech.fi
Muutettu: 28.8.2017 12.02 Muokkaa

Tampereen yliopisto

Tampereen yliopisto
03 355 111
kirjaamo@uta.fi


KARVI-auditoitu HR Excellence in Research

YLIOPISTO
Tutkimus
Opiskelijaksi
Ajankohtaista
Yhteistyö ja palvelut
Yliopisto

AJANKOHTAISTA
Aikalainen
Avoimet työpaikat
Rehtoriblogi
Tampere3

PALVELUT
Aktuaarinkanslia
Avoin yliopisto
Hallinto
Kansainvälisen koulutuksen keskus
Kielikeskus
Kielipalvelut
Kirjaamo
Kirjasto
Liikuntapalvelut
Viestintä
Tietohallinto
Tutkimuspalvelut
Täydennyskoulutus
Tietoarkisto
» lisää palveluita

OPISKELU
Opetusohjelma
Opinto-oppaat
Opiskelijan työpöytä

SÄHKÖISET PALVELUT
Andor-hakupalvelu
Uusi lainasi
Intra
Moodle (learning2)
NettiOpsu / NettiRekka
NettiKatti
Sähköinen tenttipalvelu
TamPub
Office 365 webmail
Utaposti webmail
Wentti