
Tampereen yliopisto on 1.1.2010 lähtien julkisoikeudellinen yliopisto. Sen toimielimet ovat hallitus, rehtori, yliopistokollegio ja kansleri.
Lisäksi toimielimiä ovat vararehtorit, tiedekuntaneuvostot, laitosten ja erillisten laitosten johtokunnat, dekaanit, laitosten ja erillisten laitosten johtajat sekä hallintokeskus.
Hallitus päättää yliopiston toiminnan ja talouden keskeisistä tavoitteista, strategiasta ja ohjauksen periaatteista. Hallituksessa on 11 jäsentä, kuusi yliopistoyhteisön sisältä ja viisi ulkopuolelta. Hallitus valitsee rehtorin sekä vararehtorit.
Rehtori johtaa yliopiston toimintaa sekä käsittelee ja ratkaisee yliopiston yleistä hallintoa koskevat asiat. Rehtori päättää henkilöstön ottamisesta ja irtisanomisesta sekä edustaa yliopistoa. Rehtori valitaan viideksi vuodeksi kerrallaan.
Yliopistokollegiossa on 45 jäsentä. Yliopistokollegio valitsee hallitukseen yliopiston ulkopuoliset jäsenet sekä vahvistaa yliopistoyhteisöä edustavien jäsenten valinnan. Yliopistokollegio vahvistaa yliopiston tilinpäätöksen ja toimintakertomuksen sekä päättää vastuuvapauden myöntämisestä hallituksen jäsenille ja rehtorille. Yliopistokollegio valitsee myös kanslerin.
Kanslerin tehtävänä on edistää tieteitä ja taiteita ja yliopiston yhteiskunnallista vuorovaikutusta, valvoa yliopiston yleistä etua ja toimintaa ja valvoa hyvän tieteellisen käytännön noudattamista. Kansleri päättää myös professorin, dosentin ja kunniatohtorin arvon myöntämisestä.
Tiedekuntien hallintoa hoitavat tiedekuntaneuvostot ja dekaanit. Laitosten hallintoa hoitavat laitosten johtokunnat (ainelaitosten laitosneuvostot toimivat 31.7.2010 saakka) ja laitosten johtajat.
Hallintokeskuksen tehtävänä on tukea ja avustaa rehtoria ja yliopiston yksiköitä yliopiston johtamisessa tehokkaasti ja kilpailukykyisesti.
Monijäsenisten hallintoelinten sekä dekaanien ja laitosten johtajien toimikausi on 3 lukuvuotta. Opiskelijajäsenet valitsee kahdeksi lukuvuodeksi kerrallaan Tampereen yliopiston ylioppilaskunta.