Manuaalisesti tehdyissä säännöissä käytetään hyväksi sanojen kontekstia sekä mahdollista kieliopillista tietoa, esimerkiksi sanaluokkatietoa.
Jos meillä on esimerkiksi englanninkielinen sana file, manuaalisesti tehty disambiguointisääntö etsisi sen kontekstissa esiintyviä sanoja vaikkapa seuraavasti:
file (merkitys 1): jos kontekstissa esiintyy sanat computer, program, e-mail, document, web jne.
file (merkitys 2): jos kontekstissa esiintyy sanat cut, sharpen, knife, hammer jne.
Sanojen merkitysten manuaalinen disambiguointi oli käytössä noin 1980-luvun puoliväliin. Menetelmä toimi lähinnä pienissä koeympäristöissä, eikä sitä enää juuri käytetä. Syynä tähän on mahdottomuus rakentaa laajoissa tietokannoissa toimivia sääntöjä manuaalisesti. Esimerkiksi Small & Riegel (1982) kehittivät manuaalisia sääntöjä ja totesivat tutkimuksessaan, että throw-sanan disambiguointisäännöt olivat kuusi sivua pitkät, mutta niiden tulisi kunnolla toimiakseen olla kymmenen kertaa pidemmät.